I WE WERE HERE fortelles historien om aids-epidemiens voldsomme utbrudd i homomiljøet i San Francisco. Da sykdommen kom til overflaten i 1981 hadde hiv allerede spredd seg i flere år og rukket å smitte nær halvparten av det homofile miljøet i byen. Den første tiden var naturlig nok preget av frykt og usikkerhet. Ingen visste nøyaktig hva sykdommen var, hvordan den smittet, eller hvem som kom til å bli det neste offeret. Medisiner fantes ikke, noe som førte til at tilsynelatende friske mennesker forvitret i løpet av et par uker.

Vi blir i filmen imidlertid også vitne til hvordan kampen mot epidemien mobiliserer og forener miljøet, og hvordan den etter hvert kommer under en form for kontroll. WE WERE HERE er en vemodig, men også oppløftende dokumentar om hvordan en seksualisert og sprudlende subkultur ble til et omsorgsfullt skjebnefellesskap.