En dag kommer en gruppe soldater til landsbyen hvor 14 år gamle Komona bor. Soldatene brenner ned byen og slakter brorparten av innbyggerne, deriblant Komonas familie. Den brutale kommandanten tvinger med seg de overlevende ut i jungelen, hvor de trenes som soldater og innlemmes i den hensynsløse opprørshæren. Men når Komona blir kjent med albinogutten hun kaller ”Trollmannen”, øyner hun en mulighet til å rømme fra kommandanten og hjelpe foreldrenes spøkelser med å finne evig ro.

WAR WITCH er inspirert av virkelige hendelser som fant sted i Burma, men filmen er spilt inn i Den demokratiske republikken Kongo. Samtidig som vi aldri får vite nøyaktig hvor filmen utspiller seg, og det afrikanske landskapet får dermed preg av en nærmest mytisk slagmark, hvis innbyggere er evig hjemsøkt av en krig de ikke forstår. WAR WITCH er en tidløs historie, som også har åpenbare paralleller til dagsaktuelle hendelser i virkelighetens Afrika.