Du har selvfølgelig irritert deg grønn over rømmebokser og tomatpuréglass fylt til randen av mugg, men du har kanskje ikke tenkt over hvor nyttig soppen egentlig kan være. Penicillin ble framstilt etter studier av en muggen melon, og viser bare ett av muggens mange medisinske bruksområder. Og hva om disse organismene kan brukes til å redde miljøet? Det er dette spørsmålet SUPER FUNGI stiller. Gjennom en rekke intervjuer med biologer og mykologer utforsker filmen hvordan sopp kan bidra til både å bryte ned giftig avfall og skape fornybare alternativer til plast, vaskemidler og alskens andre vidundermidler.

Fra USA viser filmen hvordan et lass med trebiter penslet med mycel renser jord for giftig avfall. I Danmark forsker man på å klippe og lime ulike soppenzymer sammen for å skape superhybrider med fascinerende egenskaper. Og for å vise hvordan soppen vokser, legger forskere i Oxford soppflak over et kart over England - med et helt nytt jernbanekart som resultat. Det hele er fortalt via utsøkte makrobilder av soppen, muggen og dens mange forbløffende egenskaper.