Villaksen vest i Canada forsvinner og forskere knytter problemene til sykdom i områdets oppdrettslaks. Når laksen migrerer tilbake til elven de fødtes i for å gyte, svømmer de nemlig gjennom trange sund som er overfylte av oppdrettsanlegg. De canadiske styresmaktene er kjappe med å stikke kjepper i forskernes hjul når de retter beskyldninger mot oppdrettsnæringen, men marinbiologen og aktivisten Alexandra Morton kjemper videre. Hun får hjelp fra forskerkolleger i Bergen til å avdekke laksebransjens hemmeligheter, og hun finner stadig kreative løsninger på hvordan hun kan sikre seg bevis.

Tittelen SALMON CONFIDENTIAL sikter til hemmeligholdet i oppdrettsnæringen og den Kafka-lignende prosessen forskere må gjennom dersom de vil belyse næringslivets skyggesider. Mye penger står på spill: Sykdommer spores til norske selskaper, og deres globale ekspansjon fremstilles som en trussel mot økologisk mangfold. Oppdrettsbaronene vil neppe at du skal se denne filmen.