Zain er en tolv år gammel yrkeskriminell i Beirut. Det vil si, siden han verken har noen fødselsattest eller har blitt registrert hos myndighetene, er det ingen som vet nøyaktig hvor gammel han er. Tolv år er kun et medisinsk anslag. Dette er bare ett eksempel på hvordan Zain har blitt vanskjøttet av sine fattige foreldre, og etter et opphold i ungdomsfengsel saksøker han derfor foreldrene for å ha satt ham til verden.

Brorparten av KAPERNAUM er viet til å skildre hva som får et barn til å gå til et slikt drastisk skritt: Etter at foreldrene selger søsteren til en lokal forretningsmann, rømmer Zain hjemmefra. Han finner et slags hjem hos den etiopiske innvandreren Rahil og hennes ett år gamle sønn Yonas, men når Rahil forsvinner under mystiske omstendigheter, blir de to barna tvunget til å klare seg på egenhånd. Med sin dagsaktuelle tematikk og forbløffende rolleprestasjoner fra sine unge hovedrolleinnehavere, er KAPERNAUM et gripende sosialrealistisk drama som har blitt sammenlignet med både Danny Boyles SLUMDOG MILLIONAIRE og Vittorio De Sicas SYKKELTYVENE.