I GOD LOVES UGANDA følger vi amerikanske evangeliske kristne på deres korstog for å frelse Uganda. Vi møter de ivrige misjonærene både i USA og Uganda, og får et fascinerende innblikk i mekanismene som styrer deres virke i teori såvel som i praksis. Det som kunne sluttet med noen rolige bønnemøter antar bibelske proporsjoner når kristenfundamentalistene setter seg fore å utrydde homofili i Uganda.

Misjonærenes urovekkende slagkraft viser seg i deres innflytelse på et lovforslag om å straffe homofili med døden. Deres mål om å fremme seksuell avholdenhet og utrydde kondomer i et land herjet av HIV fremstår som uansvarlig, på grensen til det grusomme. Amerikanernes engasjement bunner riktignok i en slags pervers idealisme, men de har ingen forståelse for landet de opererer i, og deres virksomhet får uante og høyst destruktive konsekvenser. GOD LOVES UGANDA er en film hvor Vesten og Den tredje verden møtes og finner et felles forståelsesgrunnlag i religiøse dogmer og nedarvede fordommer som ødelegger for begge samfunn.