I 2009 var det stort engasjement blant den iranske befolkningen rundt den opposisjonelle presidentkandidaten Mir-Hossein Mousavi. Håpet om forandring og troen på demokrati stod sterkt blant mange velgere. Men håpet og troen endret seg raskt til fortvilelse da Mahmoud Ahmadinejad ble erklært som valgvinner. Hans regime ble beskyldt for valgfusk, og grønnfargen som først symboliserte støtte til Mousavi, ble nå et symbol på protest mot det udemokratiske systemet. Dette grønne opprøret ble slått hardt ned på av myndighetene, og folket gikk fra håp og optimisme til å frykte for sine liv.

DEN GRØNNE BØLGEN forteller historien om dette valget, protestene i etterkant og om håpet som ble til frykt. Shirin Ebadi og andre kritikere reflekterer rundt situasjonen, og animasjonsfilm basert på meldinger fra sosiale medier brukes for å gjenfortelle opprivende og dramatiske episoder fra hovedstaden Teheran i 2009. Filmen gir et aktuelt perspektiv på opprørene i arabiske land i 2011, og deres ulike utfall.