Juhani er plaget og hjemsøkt av en traumatisk barndomsopplevelse. Etter å ha blitt sendt rundt til forskjellige fosterhjem og pleiefamilier i seks år, havner han til slutt på en isolert anstalt for mistilpassede ungdommer, kalt "Øya". Stedet er fullstendig isolert fra omverdenen, et mikrosamfunn i seg selv: De eneste øyboerne i tillegg til de syv guttene på anstalten, er stedets strenge forstander Olavi Harjula, hans kone og to døtre, samt Tyyne, som står for dyrestell og matlaging.

DE MØRKE SOMMERFUGLERS HJEM er basert på den finske suksessromanen fra 1991 med samme navn. Filmrettighetene til boken ble kjøpt av et Hollywoodselskap, før Solar Films-sjef Markus Selin endelig fikk rettighetene tilbake på finske hender i 2000. Boken kretser rundt spørsmål om skyld og skam, tilgivelse, frihet og ansvar. Denne tematikken er elegant oversatt til en gripende film som overlater til publikum selv å finne svarene.