Hva er prisen for en brors liv? Å melde seg inn i Nasjonal Samling? Eller å verve seg som SS-soldat for å kjempe på Østfronten? Bernhard Brekke gjorde begge deler da broren Erling ble tatt som engelsk spion våren 1941 og skulle henrettes. Erling fikk leve, men ble sendt til konsentrasjonsleir og tukthus i Tyskland. Der satt han i nesten fire år. Bernhard selv ble sendt til hjertet av et Tyskland i krig. Mens broren satt utsultet i en av Tysklands mange dødsleirer, sloss han mot russerne i Finland. De kjempet for å overleve på hver sin side under krigen, men begge kom hjem til Trondheim i 1945. I dag har de blitt to gamle menn, med hver sin bemerkelsesverdige historie om hvordan man lever med fortiden. BRØDRE I KRIG handler om to brødres valg under andre verdenskrig, og hvilke føringer disse valgene la for resten av livet. Det er en film om sterke familiebånd, men også om mistro, intriger og fordømmelse i kjølvannet av krigen.